Первая страница
Наша команда
Контакты
О нас

    Главная страница


Обзор Содержание (предварительно) Содержание книги «Редактрование рнк, Гипотетические Механизмы и Контуры Новой Парадигмы»




страница12/12
Дата15.04.2017
Размер1.99 Mb.
ТипОбзор
1   ...   4   5   6   7   8   9   10   11   12

F87


E63


E63

F76



F66

F70













COOH



Рис.2

Схематическое представление содержащего активный сайт участка РНК-редактирующей цитидиндезаминазы крысы. Диаграмма показывает цинк-координирующий (Гис61, Цис93, Цис96) и протонно-челночный (Глу63) участки фермента. Консервативные фенилаланины (Фен66, Фен70, Фен76, Фен87) показаны соединяющими β-сегмент между активным сайтом и α-спиралями. РНК-связывание опосредовано Гис61, Глу63, Фен66, Фен87, и Цис93.

eIF4F










Конкуренция



Nat-1


Трансляция Трансляция

Клеточный рост Клеточный рост

Рис.5
Схематическое изображение работы белка Nat-1 (и связывающего белка

4E-BPs) в качестве репрессора трансляции. Nat-1 конкурирует с eIF4G за связывание с eIF4A, и ингибирует кэп-зависимый и кэп-независимый виды трансляции ( репрессор трансляции 4E-BPs ингибирует только кэп-зависимую трансляцию).

(А)Нормальное редактировние (Б) Гиперредактирование
Редактирующий

фермент



мРНК

АпоБ



С -- --- C - C C C C ───



▼ ▼ ▼ ▼ ▼

Якорная по


следовател.

Неидентифицир.

элементы
U U U U U


мРНК

Nat-1


── C C C C ──

▼ ▼ ▼ ▼

якоре-подобные посл-ти U U U U

и неидентифицированные

элементы

мРНК FAS,

P1

)


С ─ ── ───────С ────────




якорная последовательность есть, а других элементов нет .

Рис.4
Предполагаемые последовательности, требуемые для Apobec-1-опосредованного мРНК-редактирования. (А) По крайней мере якорная последовательность и другие неидентифицированные элементы требуются для РНК-редактирования у животных. В мРНК Nat-1 потеряна якорная последовательнсть, а в мРНК белков Р1 и FAS отсутствуют другие неидентифицированнные элементы; нормальное редактироание не идет. (Б) В условиях сверхэкспрессии Apobec-1 для гиперредактирования важно присутствие других неидентифицированнных элементов, как в мРНК Nat-1, а не якорной последовательности, которая, тем не менее, не мешает редактированию в мРНК АпоБ. Сохранившие якорную последовательность, но потерявшие другие элементы мРНК белков Р1 и FAS не редактируются ни по основному, ни по дополнительным сайтам.

а) Н2О



2 О




N N Н

N N







N N NH2 N N




Аденозин Инозин

R R

б) Уридин Аденозин

О H H

N

N

N H N


N



N N

R O

R

Н

N Н О

N



N Н N




N

N N

R O R
Цитозин Инозин

Рис.6
Превращение аденозина (дезаминирование аминогруппы в 6 положении) в инозин (а), сопровождается заменой одной устойчиво формирующей водородные связи канонической пары (б), на нестандартнуюю (А:UI:C); промежуточная (“шатающаяся”) I:U-пара термодинамически менее стабильна и для создания комплементарных областей является менее предпочтительной.
=================================================================


Генетический

полиморфизм

Редактирование

РНК

Полиморфизм на уровне молекул РНК

?


Белковый



полиморфизм

Рис.9
Связь (), либо возможная связь (?) редактирования РНК с молекуляр-ным полиморфизмом различных видов биологических полимеров (их фрагментами).

=================================================






5 -пре-мРНК субъединицы-6 АТФазы - 3 
5 AAAG AGCAGGAAAGGU UAGGGGGAGGAGAGAAGAAAGGAAAGUUGUGAUU UUGGAGUUAUAG AAUAAGAUCAAAU…3’

        



3 .UUUUUUUUUUUU AUUAAUAGUAUAGUGACAGUUUUAGACUAAGCAAU AGCCUCAAUAUC AUAUAGG… 5
gRNA данной пре-мРНК
Олиго U-хвостовая Срединно-информационная частьЯкорная часть

часть

5 3’

AGGAAAGGU UAGGGGGAGGAGAGA uA Gu uA uuA uAu uGu uGu u GAAA uuuGGuuU Gu uAUUGGAGUUAUAG AAUA …

                                                      

UUUUUUUUUUUU AUUAAUAGUAUAGUGACAG UUUUAGAC UAAGCAAU AGCCUCAAUAUC AUAU…



3 5 


Рис.1












Содержание (предварительно)

Содержание

книги «Редактрование РНК, Гипотетические Механизмы и Контуры Новой Парадигмы».

Часть I. Редактирование РНК и другие внутриклеточные механизмы регуляции экспрессии генов.

Резюме . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.Введение. Множество видов и объектов редактирования у различных организмов ... .
1.2 Редактирование РНК у некоторых вирусов . . . . . . . .
1.3 Минимально-редактируемые участки транскриптов различных генов . . .
2.Некоторые особенности U-вставочно/делеционного редактирования пре-мРНК

у трипаносом . . . . . . . . . . . . .

2.1 Общий экскурс



2.2 gRNA-зависимое редактирование . . . . . . . .
2.3 Миникольцевая и максикольцевая компоненты ДНК кинетопластов трипаносом .
3. Другой тип вставочного (и др. видов) редактированиия РНК у простейших . .
4. CU редактирующее дезаминирование у животных . . . . . . . .


    1. (CU)/(dCdU) редактирующее дезаминирование в иммуноглобулинах у

животных. . . . .
5. АI редактирующее дезаминирование у животных . . . . . . . .
6. Редактирование тРНК у различных видов . . . . . . . . . . .
7. Редактирование РНК в хлоропластах и митохондриях растений . . . . .
Заключение … …. . . . . .

Аббревиатура . . . . . . . .
Abstract . . . . . . . .
Список литературы . . … . ….. . . .


Часть II. Гипотетические Механмзмы и Контуры Новой Парадигмы.
Введение
1. Механизм вариабельной (неоднозначной, неинвариантной) «обратной трансляции» отдельного эпитопа (вПОТ-механизм).


    1. вПОТ-механизм и митохондрии макрофага.




    1. вПОТ-механизм и хлоропласты растений.


2. Возможная связь гипотетических вПОТ/ВНП-передачи механизмов с эволюцией генетического кода.
3. Возможная связь гипотетических вПОТ/ВНП-передачи механизмов с редатированием РНК (и другими внутриклеточными механизмами).
Аббревиатура
Список литературы
Абстракт (Резюме)




1   ...   4   5   6   7   8   9   10   11   12

  • Якорная по